با ظهور انقلاب اسلامی، پژوهش های دینی کشور وارد مرحله جدیدی از رشد و شکوفایی شد. در سال 1358 به فرمان امام خمینی(ره) نهادی فرهنگی و تبلیغی در درون حوزه علمیه شکل گرفت که در سال های بعد به نام «دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم» خوانده شد. این دفتر که وظیفه اصلی آن پر کردن خلاهای فرهنگی و تامین نیازهای دینی برآمده از تاسیس نظام جمهوری اسلامی بود، در کنار فعالیت های گوناگون خود، عرصه های آموزشی و پژوهشی را نیز به مجموعه فعالیت های خود افزود و به تدریج در زمینه های گوناگون علمی و تخصصی به تشکیل واحدها و گروه های مطالعاتی و تحقیقاتی اقدام کرد.

آن چه در سیر پویایی و شکوفایی فعالیت های پژوهشی دفتر قابل تامل و ذکر است، شکل گیری فعالیت های پژوهشی، متناسب با شرایط ویژه و در پاسخ به نیازهای اجتماعی هر دوره از انقلاب است؛ در سال 1362 ضرورت بازگشت به منابع اصیل و گران سنگ اسلامی و بازشناسی و بازسازی فرهنگ دینی متناسب با شرایط و نیازمندی های زمان، سبب شد تا نخستین مرکز پژوهشی دفتر با عنوان «مرکز مطالعات و تحقیقات اسلامی» شکل گیرد. این مرکز در روند تکاملی خود توانست با ایجاد چهار پژوهشکده (پژوهشکده فلسفه و کلام اسلامی، پژوهشکده فقه و حقوق، پژوهشکده علوم و اندیشه سیاسی و پژوهشکده تاریخ و سیره اهل بیت(علیهم السلام)) و سه واحد پژوهشی (واحد احیاء آثار اسلامی، واحد اصطلاح نامه و واحد پاسخ به سئوالات دینی) فعالیت های گسترده ای را در دستور کار خود قرار دهد.

خلاء تحقیقات علمی در عرصه قرآن و معارف قرآنی، دفتر تبلیغات اسلامی را بر آن داشت که مرکز مستقلی را بدین منظور پایه ریزی نماید. این مرکز با جذب فضلای قرآن پژوه و انجام پروژه های بزرگ و متعدد، هم اکنون بزرگ ترین مرکز قرآن پژوهی کشور به شمار می آید. «مرکز فرهنگ و معارف قرآن» به تدریج از سه گروه پژوهشی در عرصه تفسیر، دایرة المعارف و پژوهش های نوآمد قرآنی برخوردار گردید.

دفتر تبلیغات اسلامی در خراسان نیز فعالیت های متنوع پژوهشی را از سال 1368 آغاز کرد و با استفاده از ظرفیت حوزه علمیه خراسان و دانشگاه های استان، گروه های علمی متعددی را راه اندازی نمود و با بهره گیری از محققان فاضل و پرمایه، موفق به اجرای ده ها طرح تحقیقاتی گردید. در سال های اخیر در دفتر اصفهان نیز برنامه های پژوهشی آغاز شده است. از سوی دیگر، ضرورت انجام مطالعات علمی در موضوع مهدویت به تاسیس اولین مؤسسه حوزوی در این عرصه به نام «مؤسسه فرهنگی انتظار نور» انجامید. این مؤسسه که از سال 1377 آغاز به کار کرد، تاثیربه سزایی را در گسترش مطالعات مهدوی(عج) درحوزه علمیه قم داشته است.

در سال 1380 همزمان با برنامه ریزی جامع دفتر تبلیغات اسلامی و تدوین بیانیه ماموریت آن، معاونت پژوهشی نیز به بازنگری و اصلاح ساختار، اهداف و خط مشی های خود پرداخت و سرانجام، چشم انداز و سیاست های کلان پژوهشی و هم چنین اهداف و برنامه های پژوهشکده ها و گروه های پژوهشی خود را تنظیم و تدوین کرد. در ساختار جدید دفتر مقرر گردید که کلیه مراکز پژوهشی در قالب یک پژوهشگاه جامع سازمان دهی شوند.

پس از چندین سال پی گیری، سرانجام با تصویب چهار پژوهشکده در شورای عالی گسترش وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، مجوز قطعی «پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی» گرفته شد. هم اینک پی گیری اخذ مجوز رسمی برای «مرکز فرهنگ و معارف قرآن» و «پژوهشکده علوم اجتماعی و اقتصادی» در دست اقدام است.

هم چنین تبدیل «مؤسسه فرهنگی انتظار نور» به پژوهشکده وتأسیس «پژوهشکده اخلاق و روان شناسی» که هم اکنون تنها یک گروه آن راه اندازی شده است دردستور کارمی باشد.

به این ترتیب، میراث علمی ارزش مندی که در طول دو دهه تلاش پژوهشی دفتر به تدریج فراهم گشته است، هم اینک به صورت یک سازمان علمی و پژوهشی یک پارچه و فراگیر در قالب بزرگ ترین پژوهشگاه مطالعات اسلامی کشور در خدمت اهداف مقدس حوزه علمیه و نظام اسلامی سامان دهی گردیده است.